La historia de Wagaya no Liliana-san gira en torno a la relación entre Liliana, una chica sensible al maná debido a su especie como "Magi", y Tatsuya, un estudiante. Se conocen cuando Tatsuya la encuentra inconsciente en un callejón oscuro, rodeada de perros salvajes que él mismo desterró. Después de eso, Liliana decide entregarle su corazón y cuerpo para convertirse en su novia.