Hinata Sakurai busca el paradero de su hermano desaparecido. Aparentemente, es una chica común y corriente, pero tiene otra faceta secreta: una chica mágica de la justicia, que lucha con su poder sagrado contra la malvada organización de monstruos conocida como el Ejército Viest.

¡Así es! ¡Ella no es otra que La Chica Mágica Saint Lime!

—“No pasará nada. Mientras tenga este poder que me confió mi hermano, estaré bien…”

Su hermano, y a la vez la persona a quien Hinata más admira, era la chica mágica Saint Cherry. Sin embargo, él ya ha caído en las garras del monstruo del ejército Viest, Devil Beetle, y se había convertido en una chica mágica del mal.

Para recuperar tanto a su amado hermano como a la más grandiosa heroína, Saint Cherry, Lime transforma su tristeza en ira y se alza como una nueva chica mágica.
Pero en el curso de esa batalla, lo que Lime descubrirá es… ¿su verdadero deseo y su auténtica naturaleza?

Para rescatar a su hermana (¿hermano?), Saint Cherry, ahora convertida en una chica mágica corrupta por el mal y víctima de un cambio de sexo, Saint Lime, se enfrenta a un mal gigantesco.